凍干機的自動控制系統，許多凍干機帶有自動控制系統，并同時兼備有手動控制功能。所謂凍干機的自動控制應該包括二個部分，一是凍干機的各零部件按凍干工藝要求在規定的時間自動運行開關；

二是干燥室板層溫度按凍干曲線要求自動跟蹤，整個凍干進程不需要人工操作，操作人員僅負責監控。實驗室系列凍干機，冷凍干燥機分類，實驗系列的凍干機用于研發之用，冷阱的結冰量每批次一般都是低于6公斤，干燥室的板層面積小于0.2平方米。中試及小規模生產系列用于中試模擬凍干工藝及小批量生產之用，冷阱的結冰量每批次一般都在6~25公斤之間，干燥室的板層面積在 0.2~2.0 平方米之間。

工業生產系列的凍干機用于工廠大規模生產之用，冷阱的結冰量每批次在40公斤以上，甚至有些達到1000公斤以上，而干燥室的板層面積在2平米以上，甚至有些達到100平方米左右。凍干機容量的選擇思路：一般可以參考凍干機的板層面積即盤裝法和瓶裝法。盤裝法充分利用了板層面積，而瓶裝法由于瓶之間的間隙未充分利用，所需的板層面積較大。下面按盤裝和瓶裝兩種工藝分別予以計算：